La costruzione voluta da Ignazio di Loyola sin dal 1550 iniziò nel 1568 grazie al finanziamento del cardinale Alessandro Farnese. Il progetto architettonico, disegnato da Jacopo Barocci detto il Vignola, fu eseguito attraverso la direzione dei gesuiti Giovanni Tristano e Giovanni De Rosis. Per la facciata fu scelto dal cardinale il disegno del senese Giacomo della Porta il quale a partire dal 1573 completò la costruzione e modificò la cupola, strutturata all'esterno a spicchi su tamburo ottagonale. Il modello che fu realizzato venne preso in esempio ed esportato dai Gesuiti per le chiese di tutta Europa, soprattutto poiché rispondeva ai canoni architettonici suggeriti durante il Concilio di Trento. La facciata della chiesa, in travertino, elaborata da Giacomo Della Porta, si presenta a due ordini di paraste accoppiate. La decorazione della cupola è di Giovan Battista Gaulli. Nella calotta il tema è 'Il Paradiso inneggia a Gesù'; nei pennacchi 'profeti, evangelisti e dottori della Chiesa'. L'interno, disposto a croce latina, è diviso in tre navate di cui una con volta a botte e cupola. Sulla volta l'affresco 'Trionfo del Nome di Gesù' del Gaulli. Gli angeli in stucco sono di Ercole Antonio Raggi. Nella prima cappella a destra decorazioni di Agostino Ciampelli, [1599-1601] nella seconda dipinti di Gaspare Celio, mentre la terza fu interamente decorata da Federico Zuccari. Nel transetto destro Cappella di S.Francesco Saverio su disegno di Pietro da Cortona [1674-78] con tela di 'Morte del Santo' di Carlo Maratta. Nella volta affreschi di Giovanni Andrea Carlone.
A destra del presbiterio la Cappella del Sacro Cuore su disegno del Valeriano con il 'Sacro Cuore di Gesù', dipinto su rame di Pompeo Batoni [1760], con nella volta dipinti di Baldassarre Croce [1599] e alle pareti storie di S.Francesco.
L' altare maggiore fu ridisegnato da Antonio Sarti; [1840-43] nella sagrestia, disegnata da Girolamo Rinaldi, 'Adorazione del Santissimo Sacramento' di Agostino Ciampelli.
A sinistra del presbiterio la Cappella di Santa Maria della Strada su progetto del Valeriano [1584-88] con alle pareti storie della Vergine del Valeriano e di Scipione Pulzone. Nel transetto sinistro la Cappella di S.Ignazio di Loyola, qui sepolto, realizzata da Andrea Pozzo. [1696-1700] Sull'urna rilievi di Alessandro Algardi. Nella terza cappella a sinistra 'Adorazione della Trinità' di Francesco Bassano, [1592] nella seconda
affreschi nella volta di Cristoforo Roncalli detto il Pomarancio, alle pareti di Giovanni Francesco Romanelli detto il Raffaellino;
nella prima 'San Francesco Borgia' di Andrea Pozzo, alle pareti i dipinti sono di Pier Francesco Mola, [1660] nella volta del Pomarancio
