Nel 1551 San Filippo Neri fonda la Congregazione dell'Oratorio. Ventiquattro anni più tardi il pontefice Gregorio XXIII sosterrà la costruzione dell'Oratorio dei Filippini, assegnando al santo la chiesa situata vicino, Santa Maria in Vallicella, risalente al XII secolo, così denominata per via di un avallamento forse posto in prossimità del 'Tarantum', santuario sotterraneo sede del culto delle divinità infernali di Prosperpina e Dite. La ricostruzione della chiesa fu affidata nel 1575 a Matteo da Città di Castello, che utilizzò il modello della navata unica con quattro cappelle per lato già voluto per la
Chiesa del Gesù.
Dal 1586 al 1590 subentrò nella direzione dei lavori Martino Longhi il Vecchio, che aggiunse una quinta cappella destra e sinistra, ed eresse l'abside, il transetto e la cupola allontanandosi dallo stile riformistico Gesuita, che comunque si ritrova nella facciata in travertino, inquadrata da lesene, eretta tra il 1594 e il 1606 su disegno di Fausto Rughesi. L'interno è distribuito su croce latina. Le tele alle pareti della navata e del transetto e sopra i coretti del presbiterio, con episodi del Vecchio e Nuovo Testamento, sono di Lazzaro Baldi, Giuseppe Ghezzi, Daniele Seiter, Giuseppe Passeri, Domenico Parodi. Sul
soffitto, tra stucchi disegnati da Pietro da Cortona ed eseguiti da Cosimo Fancelli ed Ercole Ferrata, [1662-65] affreschi dello stesso Pietro Da Cortona: nella navata 'Intervento miracoloso della Vergine durante la costruzione della chiesa', [1664-65] nella cupola 'Trionfo della Trinità', [1647-51] nei pennacchi figure dei profeti, [1657-60] nel catino absidale 'Assunta' [1665-66]. Nella prima cappella a destra 'Crocifissione' di Scipione Pulzone. Nella volta dipinti di Giovanni Lanfranco. Nella terza cappella a destra 'Ascensione' di Girolamo Muziano, nella quarta 'Pentecoste' di Giovanni Maria Morandi, nella quinta 'Assunzione' di Giovanni Domenico Cerrini. Nel transetto destro 'Incoronazione di Maria' del Cavalier D'Arpino. [1593]
A destra del presbiterio la Cappella Spada completata nel 1667 da Carlo Rainaldi. All'interno 'Madonna con Bambino e i Ss.Carlo Borromeo e Ignazio di Loyola' di Carlo Maratta. [1675]
Nel presbiterio al centro il ciborio in bronzo disegnato da Ciro Ferri nel 1681. La pala' Vergine col bambino' e i due dipinti laterali, 'Ss.Domitilla, Nereo e Achilleo', 'S.Gregorio Magno, Mauro e Papia' sono le maggiori opere romane di Pietro Paolo Rubens. [dal 1606 al 1608]
A sinistra del presbiterio la Cappella di S.Filippo Neri progettata da Onorio Longhi e terminata da Paolo Marucelli. [1604-06] All'interno storie del santo dipinte da Cristoforo Roncalli detto il Pomarancio. Nel transetto sinistro 'Presentazione di Maria al Tempio' di Federico Barocci. In sagrestia, iniziata nel 1621 da Mario Arconio e compiuta dal Marucelli nel 1629, il gruppo marmoreo di 'S.Filippo e un angelo' di Alessandro Algardi, ai lati dipinti di Francesco Trevisani, in alto 'Cristo Benedicente' del Cerrini, nella volta 'Angeli con gli strumenti della Passione' di Pietro da Cortona. [1633-34] Lungo la navata sinistra nella quinta
cappella 'Annunciazione' del Passignano, nella quarta 'Visitazione' di Federico Barocci e sulla volta 'Santi' di Carlo Saraceni. Nella terza 'Adorazione dei Pastori' di Durante Alberti e nella volta 'Sante' del Pomarancio. Nella seconda
'Adorazione dei Magi' di Cesare Nebbia, nella prima 'Presentazione al Tempio' del Cavalier d'Arpino.
