La chiesa sorge sul luogo della cinquecentesca villa dei principi Orsini. Fu acquistata nel 1615 dagli Agostiniani Scalzi che nel 1633 diedero inizio alla nuova costruzione assieme al convento. Il progetto originario di Carlo Maderno, risalente al 1633, fu rielaborato da Carlo Rainaldi nel 1675.
La facciata del Rainaldi riflette l'austerità dell'ordine mendicante: nella tripartizione assume risalto la parte corrispondente alla navata, rivestita di travertino, con portale e finestrone tra coppie di paraste corinzie e timpano triangolare.
Il sontuoso interno, orchestrato dal Rainaldi recuperando tutta la spettacolarità barocca, è a sala con volta a botte (tele di Giacinto Brandi e allievi, 1685) e tre cappelle per lato.
L'impianto decorativo muta tra il 1678 e il 1690 per volere del cardinale Giorgio Bolognetti, che patrocinerà la manutenzione della chiesa rendendola sacrario di famiglia. All'interno, collocati sopra i confessionali, in forma di logge o palchetti teatrali, si trovano i monumenti funebri di Pietro e Francesco Bolognetti, realizzato da Francesco Aprile, di Mario e Giorgio Bolognetti, eseguito da Francesco Cavallini, di Ercole e Luigi Bolognetti progettato da Michel Maille, di Camillo del Corno, per opera di Domenico Guidi, e di Giulio del Corno, scolpito da Ercole Ferrata. Ricchissimo il presbiterio (1678-80) con altare maggiore su disegno di Carlo Rainaldi: 'Incoronazione di Maria' di Giacinto Brandi, ai lati dell'altare statue dei Ss.Giovanni Battista ed Evangelista di Giuseppe Mazzuoli. La seconda cappella a sinistra fu ridecorata da Giuseppe Valadier in forme neoclassiche (1824). La pala è del Brandi. I dipinti sull'altare e sulla volta della sagrestia sono attribuiti a Giovanni Lanfranco
