Sulla strutura costruita tra il 499 e il 521 d.C il cardinale Giovanni Da Crema fa ricostruire nel 1123 una nuova chiesa, la quale distrusse e interrò la presistente basilica. Il primo grande restauro avviene nel 1620-26 per iniziativa del Cardinale Scipione Borghese. Il progetto è affidato a Giovan Battista Soria, che adatta l'interno al gusto barocco e realizza la facciata a timpano, [1623] la quale è preceduta da un portico di ordine tuscanico con quattro colonne in granito.
La pianta interna basilicale è a tre navate divise da ventidue colonne di granito grigio e rosso con pavimento cosmatesco del XIII e soffitto ligneo a lacunari decorato dal Soria. Al centro del soffitto 'Gloria di S.Crisogono', copia dal Guercino. A sinistra dell'ingresso monumento del cardinale Giovanno Jacopo Millo [m.1757] di Carlo Marchionni e Pietro Bracci. Lungo la navata destra quel che rimane degli oli su muro delle Ss.Barbara e Caterina attribuito a Paolo Guidotti, dei Tre Arcangeli di Giovanni da S.Giovanni, di 'S.Francesca Romana' e 'Crocifissione' attribuiti al Guidotti. Nella volta della Cappella del Sacramento, disegnata dal Bernini, [1641] 'Trinità e Angeli' di Giacinto Gimignani mentre sull'altare è l''Angelo Custode' di Ludovico Gimignani. Nel presbiterio il ciborio sorretto da quattro colonne di alabastro è opera del Soria. Dietro, nel catino dell'abside, scene della vita di S,Crisogono [XVII] ed in basso 'Madonna con Bambino tra i Santi Crisogono e Giacomo' di ambito cavalliniano. [XIII] Sul soffitto del presbiterio 'Beata Vergine' del Cavalier D'Arpino. Dalla sagrestia si accede alla suggestiva basilica paleocristiana eretta nel V secolo sui resti di un edificio imperiale
