La chiesa e il convento sorgono dove si trovava la chiesa di S.Biagio e un monastero benedettino del X secolo in cui alloggiò San Francesco d'Assisi. La chiesa fu ampliata nel coro dall'architetto Onorio Longhi nel 1603 mentre Mattia De Rossi tra il 1681 e il 1685 ricostruì la facciata. All'interno rielaborò le tre navate, edificando le tre cappelle sul lato destro, rendendole simmetriche a quelle di sinistra.
Nella prima cappella a destra volta e pennacchi con figure di santi dipinte da Fra Emanuele da Como ed il monumento del cardinale Michelangelo Ricci attribuito a Domenico Guidi.
Nella seconda storie della vita di S.Giovanni da Capestrano di Domenico Maria Muratori. [1725]
Nella terza pala d'altare di Stefano Maria Legnani. [1685]
Nel transetto destro la Cappella Rospigliosi-Pallavicini di Nicola Michetti fu completata da Ludovico Rusconi nel 1725. All'interno la pala raffigurante S.Pietro d'Alcantara e S.Pasquale Baylon dipinta da Tommaso Chiari e i monumenti funebri di Stefano e Lazzaro Pallavicini, di Maria Camilla e G.B.Rospigliosi realizzati su disegno del Michetti.
L'altare maggiore fu realizzato nel 1746. La statua di S.Francesco è attribuita a Fra Diego da Careri, la tela raffigurante la Trinità e i Santi a Paris Nogari.
Nel transetto sinistro è situata la Cappella Paluzzi-Albertoni disegnata da Giacomo Mola [1622-25]. All'interno uno dei capolavori scultorei di Gianlorenzo Bernini, la Beata Ludovica Albertoni. Dietro la statua è collocato il dipinto 'S.Anna e la Vergine' di Giovan Battista Gaulli.
Nella terza cappella a sinistra il busto di Laura Frangipani scolpito da Andrea Bolgi [1637], sulla parete di fronte il busto di Orazio Mattei attribuito a Lorenzo Ottoni.
Nella seconda cappella gli affreschi alle pareti sono di Giovan Battista Ricci. Al centro 'L'Annunciazione' di Francesco Salviati. [1534] All'interno la tomba di Giuseppe Paravicini di Camillo Rusconi.
Nella prima cappella la 'Concezione' di Marten De Vos [1555], a destra 'L'Assunzione' di Antonio Della Cornia, a sinistra 'La Natività della Vergine' di Simon Vouet[1620]
