Sorta sulle rovine del Tempio del Sole l'inizio della costruzione risale al periodo del Pontefice Stefano II. [752-57] Completata da Paolo I [757-67], il quale l'affidò all'ordine dei Benedettini, deve l'appellativo 'del Capite' per la custodia nella chiesa di un frammento della testa di San Giovanni Battista. Gli ultimi rifacimenti risalgono al sedicesimo secolo con autori Francesco da Volterra e Carlo Maderno. La chiesa si presenta con una facciata barocca a un solo ordine, tripartita da lesene e ornata di statue realizzate su disegno di Domenico De Rossi [1703], con situato accanto il campanile romanico del 1210 strutturato a cinque ordini di doppie bifore. All'interno la pianta architettonica della chiesa è a unica navata con cappelle laterali ed
è coperta da volta a botte con raffigurante 'Assunta in Gloria e Santi', affresco di Giacinto Brandi. [1680]
L'altare maggiore si presenta con il ciborio barocco scolpito da Carlo Rainaldi. [1667] Nella prima cappella a destra è collocata la 'Madonna con Bambino e i Santi Antonio di Padova e Stefano I' e storie dei due santi di Giuseppe Chiari, [1695]
Nella seconda 'San Francesco riceve le stimmate' di Orazio Gentileschi.[1610] Alle pareti e sulla volta storie del santo di Luigi Garzi. Nella terza cappella la 'Pentecoste', 'San Giovanni battezza le folle' e 'Battesimo di Cristo' dipinti da Giuseppe Ghezzi. [1695-96] Al transetto destro 'Madonna con Bambino e Santi' di Baccio Ciarpi, sulla volta 'Storie di San Silvestro' di Ludovico Gimignani. [1690] Nella cupola affreschi di Cristoforo Roncalli del Pomarancio e aiuti. [anteriori al 1605] Nell' abside 'Martirio di Santo Stefano I' e 'Messaggeri di Costantino chiamano San Silvestro' di Orazio Borgianni. [1610] Nel catino absidale 'Battesimo di Costantino' di Ludovico Gimignani, nel transetto sinistro 'Madonna col Bambino e Santi' di Terenzio Terenzi da Urbino. Nella terza cappella a sinistra affreschi e 'Immacolata Concezione' di Ludovico Gimignani. Alle pareti 'Adorazione dei Magi' e 'Visitazione' del Morrazzone. Nella seconda cappella
'S.Marcello Papa ha la visione della Sacra Famiglia', 'Sacra Famiglia', 'Transito di S.Giuseppe', 'Gloria di S.Giuseppe' di Ludovico Gimignani. Nella prima cappella 'Salita al Calvario', 'Flagellazione' e 'Crocifissione' di Francesco Trevisani [1695]
