Come luogo di culto esisteva già nel 489 d.C ma con un orientamento diverso.
Intitolata a Prassede, figlia di Prudente e sorella di Pudenziana, venne ricostruita durante il pontificato di Pasquale I che vi farà trasferire dalle catacombe di Roma le spoglie di circa duemila martiri. La facciata laterizia a spioventi, con portale del 1500, è sormontato da tre finestre centinate e da un cornicione medievale.
La pianta interna è a tre navate divise da colonne di granito. Al centro del pavimento un disco di porfido copre il pozzo dove Santa Prassede raccolse i resti dei martiri. Nella Cappella Cesi, la seconda della navata destra, volta e pareti [a destra 'Famiglia della Vergine' a sinistra 'Adorazione dei Magi'] del Borgognone. La successiva, la Cappella di San Zenone, è il monumento bizantino più importante di Roma. Fatta costruire da Pasquale I come mausoleo della madre Teodora l'interno s'ispira ai mausolei classici nella pianta cruciforme con colonne angolari e volta a crociera. I mosaici rappresentano nella volta 'Il Salvatore', sorretto da quattro angeli, nel lunettone destro i 'Ss.Giovanni Evangelista, Andrea e Giacomo', nella lunetta sottostante 'Cristo tra i Ss.Pasquale I e Valentiniano'; nella nicchia all'altare 'Madonna con Bambino in trono' e le 'Ss.Prassede e Pudenziana'. Ai lati della finestrella sopra l'altare 'S.Giovanni Battista e la Madonna', nel lunettone sinistro S.Agnese e le Ss.Prassede e Pudenziana. Davanti, sul terzo pilastro della navata il busto del vescovo Santoni una delle prime opere di Gian Lorenzo Bernini. [1614] Nella cappella successiva la bella tomba tardo-rinascimentale del Cardinale Alano [1474] scolpita da Andrea Bregno. In fondo alla navata, sulla destra dell'altare, la tomba del cardinale Anchier de Troyes [m.1286] attribuita ad Arnolfo di Cambio. Al centro davanti l'abside è disposta la cripta semianulare che attraverso due gradini di rosso antico sale al presbiterio dove svetta il ciborio, opera di Antonio Ferrari. [1730] I mosaici dell'abside risalgono ai tempi di Pasquale I, raffiguranti nel mezzo 'Cristo Benidecente', a sinistra San Paolo che cinge con il braccio Santa Prassede, a destra San Pietro nello stesso atteggiamento con San Paolo, Santa Pudenziana e San Zenone. Ai lati sono raffigurate le palme, sotto il Giordano, l'Agnello [simbolo del redentore] e le pecore, [i discepoli] Gerusalemme e Betlemme. All'esterno l'Agnus Dei in chiave d'arco e, ai lati, i sette candelabri, i quattro arcangeli e i simboli degli evangelisti. Più sotto, suddivisi sui due lati, i 24 Seniori biancovestiti che offrono corone. Sulla parete in fondo all'abside 'Santa Prassede in atto di raccogliere il sangue dei martiri' di Domenico Maria Muratori. [1735] A sinistra del presbiterio si accede alla sagrestia, con sull'altare pala di 'S.Giovanni Gualberto' di Agostino Ciampelli, alle pareti 'Flagellazione' attribuita a Giulio Romano, 'Cristo deposto e santi' di Giovanni De Vecchi. Lungo la navata sinistra, nella terza cappella 'Gesù sotto la croce' di Federico Zuccari con volta affrescata dal Cavalier D'Arpino. Nella prima 'Preghiera di S.Carlo', 'S.Carlo in estasi', 'S.Carlo in meditazione' di Ludovico Stern. [c.1739]
Nel piccolo vano a destra dell'ingresso della basilica è situata la Colonna della Flagellazione, portata da Gerusalemme nel 1223 e ritenuta quella a cui fu legato Gesù
