Sul luogo della casa di Aquila e Priscilla, madre di Prisca, decapitata sotto l'Imperatore Claudio, nel III secolo già esisteva un oratorio di culto che venne assorbito dalla costruzione della chiesa del V secolo, la quale verrà in seguito restaurata durante i pontificati di Adriano I nel 772 e di Pasquale II [1099-1118]. Nel 1456 in seguito al crollo delle tre campate l'interno fu accorciato. Nel XVII secolo l'architetto Carlo Lombardi rielaborò la facciata, scandita da quattro lesene, in stile tardo-manierista.
La pianta interna basilicale è divisa da sette colonne ioniche per parte. All'inizio della navata destra è situato l'ingresso al Mitreo di Santa Prisca, costituito da una casa del I secolo con quadriportico e ninfeo absidato dell'età traianea.[98-117] Dal ninfeo si raggiunge la cripta della chiesa risalente al IX secolo. Sull'altare sono collocate le reliquie di Santa Prisca. Gli affreschi interni sono opera di Anastasio Fontebuoni, autore inoltre nella chiesa superiore degli affreschi lungo le pareti della navata centrale con 'Santi e angeli con gli strumenti della passione'. Nella sagrestia è collocata l''Immacolata e angeli' attribuita a Giovanni Odazzi. Sull'altare maggiore 'Battesimo di S.Prisca' del Passignano
