La basilica fu costruita su commissione di Pelagio I [556-561] e completata tra il 561 e il 573 da Giovanni III. Venne rinnovata nel 1474 da Sisto IV e in seguito dal 1702 al 1714 Francesco e Carlo Fontana modificarono l'interno. La facciata in stile neoclassico progettata da Valadier [1827] è scandita da lesene e da un finestrone rettangolare, ed è preceduta da un portico rinascimentale con nove arcate. L'interno è suddiviso in tre navate, scandite da robusti pilastri con lesene corinzie binate, e con tre cappelle per lato intercomunicanti. Nella prima cappella a destra 'Madonna col Bambino adorati da S.Bonaventura e dal Beato Andrea Conti' di Niccolò Lapiccola, nella seconda 'Immacolata e angeli' di Corrado Giaquinto. Nella terza, la Cappella Odescalchi, 'S.Antonio da Padova' di Benedetto Luti. [1723] In fondo alla navata è la Cappella del Crocifisso con otto colonne tortili del IV secolo appartenenti all'antica chiesa. Nella Confessione è collocato il monumento funebre di Raffaele della Rovere [m.1477] attribuito ad Andrea Bregno. Nell'abside 'Il Martirio dei Ss.Filippo e Giacomo', di Domenico Maria Muratori, [1704] è la più grande pala d'altare di Roma.
Alla parete sinistra monumento funebre del cardinale Pietro Riario [m.1474] scolpito da Andrea Bregno, Giovanni Dalmata e Mino da Fiesole. A sinistra dell'abside monumento di Clemente XIV [ma con inciso il numero XIIII] di Antonio Canova. [1789]
Nella terza cappella della navata sinistra 'S.Francesco sorretto dagli angeli' di Giuseppe Chiari. A sinistra i monumenti del cardinale Carlo Colonna [1753] e di Maria Lucrezia Ruspigliosi Salviati [m.1749] realizzati da Bernardino Ludovisi. Nella seconda cappella 'S.Giuseppe da Copertino' di Giuseppe Cades, nella prima 'Pietà' di Francesco Manno.
La volta fu affrescata nel 1707 da Giovan Battista Gaulli con il 'Trionfo dell'Ordine Francescano'
