La chiesa sorge tra il III e il IV secolo e venne dedicata anche a Sant'Alessio, il quale morì senza essere riconosciuto dal padre dopo il ritorno dall'Oriente dove il santo aveva vissuto per vent'anni. La chiesa fu restaurata nel 1216 durante il pontificato di Onorio III, sucessivamente nel 1582, per essere rinnovata nel 1750 da Tommaso De Marchis e di nuovo restaurata dal 1852 al 1860 dai Somaschi. La facciata cinquecentesca, elaborata dal De Marchis, è preceduta dal quadriportico di stile medioevale. Accanto il campanile romanico a cinque ordini con i tre superiori a bifore e colonnine. [1217]
La pianta interna è a tre navate con volte a botte divise da paraste binarie corinzie. Nella navata destra è collocato il monumento funebre di Eleonora Boncompagni Borghese [1693] realizzato su disegno di Giovan Battista Contini. Nel transetto destro la Cappella di Carlo IV di Spagna custodisce l'icona della Madonna risalente al 200 d.C portata qui da S.Alessio in seguito a un viaggio in Oriente. Nel pavimento antistante è collocata la pietra tombale di Pietro Savelli. [1288]
Sull'altare maggiore il ciborio disegnato dal De Marchis, mentre l'abside conserva due colonnine del periodo di Onorio III. Nella sottostante cripta romanica l'altare maggiore raccoglie le reliquie di S.Tommaso di Canterbury. Alle pareti affreschi del 'Agnus Dei e simboli degli Evangelisti' risalenti al XII secolo.
Nella navata sinistra al secondo altare 'S.Girolamo Emiliani che presenta orfani alla Vergine' di Jean Francois De Troy. In fondo alla navata 'La Scala Santa e il titolare S.Alessio' in stucco e legno realizzata da Andrea Bergondi
