La chiesa risale al 398 d.C e fu costruita per volontà del senatore Bizante sulla casa dove i due ufficiali romani Giovanni e Paolo vennero martirizzati da Terenziano nel 362. Danneggiata dall'incursione barbara di Alarico nel 410, e dal terremoto del 442, nonché dal saccheggio dei Normanni nel 1084, fu di nuovo costruita. Sotto il pontificato di Pasquale I [817-824] fu edificato il convento e iniziato il campanile esterno a sei ordini con doppie bifore concluso attorno al 1150. Seguirono restauri e alterazioni fino al 1952 quando si ripristinò la facciata paleocristiana di tipologia aperta. La basilica è difatti preceduta da un portico con architrave poggiante su colonne antiche.
L'interno è suddiviso in tre navate da pilastri affiancati alle colonne originarie. Al centro della basilica una lapide ricorda il luogo dove vennero martirizzati i due santi. Nell'abside 'Cristo in Gloria' affresco di Cristoforo Roncalli detto il Pomarancio. [1588] Sotto è collocato il 'Martirio di S.Giovanni' 'Martirio di S.Paolo' e 'Conversione di Terenziano' di Domenico Piastrini, Giacomo Triga e Pietro Andrea Barbieri. [1726] All'altare maggiore una vasca in porfido raccoglie le reliquie dei due martiri. A sinistra dell'altare una porticina immette in un piccolo ambiente dove è custodito 'Cristo in trono fra sei apostoli' del XIII secolo. In sagrestia importante tavola di Antoniazzo Romano raffigurante 'Madonna con Bambino e i Ss.Giovanni Evangelista e Giovanni Battista e i Ss.Girolamo e Paolo'. Sotto alla navata destra
durante gli scavi del 1887 vennero portati alla luce quattro ambienti databili dal I al IV secolo d.C con affreschi e pitture dell'epoca
